환자는 검사전 왼쪽으로 누운 자세를 취합니다. 대장 내시경을 삽입하기 전에 손가락으로 항문을 검사하고 젤리를 발라 내시경이 잘 삽입되도록 합니다. 항문으로 들어간 내시경은 대장의 모든 부위를 지나서 충수돌기 부위의 맹장까지 이르게 됩니다. 이 모든 검사는 빠른 경우 5-10분 정도, 조직생검이나 사진촬영, 용종 제거술 등으로 지체되는 경우 더 많은 시간이 소요될 수 있습니다.
대부분의 내시경검사는 검사후 즉시 진단을 내릴 수 있으므로 환자는 그 자리에서 결과를 바로 알 수 있습니다. 그러나 내시경을 통한 조직검사를 한 경우에는 그 결과가 보통 1주일 후에 나오므로 환자는 그 때 다시 그 결과에 대하여 전화, 혹은 직접 내원 하셔서 설명을 들어야 합니다.
물론 장을 완전히 비운 상태에서 시행하여야 정확히 알 수 있습니다만 간혹 필요에 의해서 대변이 있는 상태에서도 할 수 있는 에스상결장경검사가 있습니다. 이 검사는 장전체를 다 확인하는 것은 아니며 장의 일부만 확인하는 검사입니다. 이 검사는 내원하셔서 언제든지 간단하게 받으실 수 있는 검사로 장을 완전히 비우지 않은 상태에서도 가능한 검사입니다. 대장에서 70-80%의 병변이 이곳에서 발생하므로 해보시는게 많은 도움이 됩니다.